Zakłady

Pracownia Bakteriologii Ogólnej i Mikrobiologicznych Badań Środowiskowych

Odrębność organizacyjną pracownia uzyskała we wrześniu 2007 r. na mocy Zarządzenia Nr 4/07 Dyrektora Szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie.

Podstawowym zadaniem pracowni jest diagnostyka zakażeń o etiologii bakteryjnej. Aktualnie kilkunasto- osobowy zespół wykonuje szeroki panel badań bakteriologicznych różnych materiałów klinicznych, w tym sekcyjnych. Standaryzację badań zapewnia dostęp do gotowych, certyfikowanych materiałów zużywalnych jak, stałe i płynne podłoża hodowlane, karty antybiogramowe, testy identyfikacyjne, krążki antybiotykowe.

Zakres badań wykonywanych z zastosowaniem konwencjonalnych metod diagnostycznych obejmuje:

• posiew i hodowle próbek materiałów klinicznych
• identyfikację bakterii tlenowych, beztlenowych i drobnoustrojów o specjalnych wymaganiach odżywczych
• oznaczanie wrażliwości na antybiotyki wyizolowanych szczepów bakteryjnych
• ocenę mikroskopową preparatów
• kontrolę procesów dezynfekcji, sterylizacji, badania środowiskowe
• ocenę jałowości powietrza

Od stycznia 2010 r. panel badań diagnostycznych został poszerzony o monitoring wody przeznaczonej do stosowania w jednostkach organizacyjnych Szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie. Zakres badań obejmuje wykrywanie (izolację) oraz oznaczanie ilościowe bakterii z rodzaju Legionella oraz Pseudomonas w próbkach wody metodą filtracji membranowej. Badania są wykonywane w oparciu o metodykę opisaną w polskich normach, odpowiednio PN-ISO 11731-2 i PN-EN 16266. Wyposażenie pracowni dostosowano do wymogów zawartych w w/w normach.

We wrześniu br. w Zakładzie zainstalowano pierwszy w Polsce w pełni automatyczny aparat UF-1000i do badań przesiewowych moczu. UF-1000i to najnowszy analizator moczu wykorzystujący zaawansowaną technologię cytometrii przepływowej. System pozwala na szybkie oszacowanie liczby bakterii oraz elementów upostaciowanych w badanych próbkach i dzięki temu na szybkie potwierdzenie zakażenia dróg moczowych oraz schorzeń nerek.

Szczegółowe informacje dotyczące rodzaju wykonywanych badań, stosowanych metod oraz wyposażenia pracowni podano w procedurach diagnostycznych - badania bakteriologiczne.

PRACOWNIA MYKOLOGII

Pracownia uzyskała odrębność organizacyjną 1 września 2007 r. na podstawie Zarządzenia 
Nr 94/07 Dyrektora Szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie.

Badania mykologiczne zlecanych materiałów prowadzone są w oparciu o klasyczne metody diagnostyczne, których celem jest wykazanie obecności grzybów w pobranych próbkach, identyfikacja oraz oznaczenie wrażliwości wyizolowanych gatunków na leki przeciwgrzybicze. W pracowni prowadzona jest izolacja grzybów wywołujących grzybice narządowe, oportunistyczne zakażenia grzybicze oraz zakażenia skóry i jej przydatków. Zakres badań obejmuje diagnostykę grzybów:

• drożdżopodobnych z rodzajów: Candida, Cryptococcus, Geotrichum, Trichosporon, Malassezia, Rhodotorula
• pleśniowych w tym:
  ˇ jasnostrzępkowych z rodzaju: Aspergillus, Mucor, Rhizopus, Absidia, Fusarium, Penicillium, Acremonium, Trichoderma, Scopulariopsis i in;
  ˇ ciemnostrzępkowych: głównie Alternaria, Botrytis, Cladosporium, Curvularia.
• dermatofitów z rodzajów: Trichophyton, Microsporum i Epidermophyton
• Pneumocystis jirovecii

Gwarantem jakość wykonywanych badań jest dostęp do gotowych, certyfikowanych odczynników, jak podłoża hodowlane, testy identyfikacyjne, panele lekowrażliwości.

Czas oczekiwania na wynik badania wynosi: - do 10 dni roboczych w przypadku diagnostyki grzybów drożdżopodobnych i pleśniowych, - do 28 dni dla grzybów dermatofiotowych i do 2 dni roboczych 
w przypadku diagnostyki Pneumocystis jirovecii.

Szczegółowe informacje na temat zakresu wykonywanych badań stosowanych metod diagnostycznych, oraz czasu ich trwania podano w procedurach diagnostycznych - badania mykologiczne.

PRACOWNIA DIAGNOSTYKI MOLEKULARNEJ I IMMUNODIAGNOSTYKI

Pracownię powołano z dniem 1 stycznia 2008 r. na mocy Zarządzenia Nr 169/07 Dyrektora SU 
w Krakowie. W I półroczu 2008 r. podjęto działania związane z wdrożeniem badań w zakresie oznaczeń jakościowych i ilościowych wirusów zapalenia wątroby typu B i C metodami biologii molekularnej.

W dalszej kolejności zakres badań molekularnych poszerzono o diagnostykę zakażeń wirusem HIV
i CMV. Na podstawie Komunikatu nr 43/2008 z dnia 23 października 2008 r. zwiększono także zakres wykonywanych w pracowni badań serologicznych o oznaczanie markerów zakażeń: HAV, HBV, HCV, HIV, CMV, Rubella oraz Toxoplasma gondii. W maju 2009 r. uzupełniono panel badań o diagnostykę zakażeń T. pallidum, oznaczanie antystreptolizyny O oraz czynnika reumatoidalnego RF.

Ogólne zasady organizacji pracowni:

Wysoka czułość metod biologii molekularnej, wrażliwość kwasów nukleinowych (szczególnie RNA) na degradację oraz możliwość zanieczyszczenia badanej próbki fragmentami DNA lub RNA wytwarzanymi w reakcji PCR, wymusza specjalną organizację przestrzenną pracowni diagnostyki molekularnej oraz odpowiednią organizację pracy.

Pracownia diagnostyki molekularnej Zakładu Mikrobiologii SU składa się z trzech oddzielnych pomieszczeń o łącznej powierzchni około 50 m2 tworzących obszar: (1) „przedamplifikacyjny” (przygotowanie odczynników, ekstrakcja materiału genetycznego z próbek diagnostycznych); (2) obszar "poamplifikacyjny" (amplifikacja/detekcja w technologii konwencjonalny PCR oraz Real-time PCR) oraz obszar (3) detekcji (detekcja w konwencjonalnej metodzie PCR oraz wizualizacja poddanej amplifikacji sekwencji docelowej). Materiały i urządzenia są przypisane każdej czynności wykonywanej przed i po amplifikacji i nie są używane do żadnej innej, ani też przenoszone pomiędzy obszarami. Wszystkie czynności diagnostyczne są wykonywane w jednorazowych beztalkowych rękawiczkach.

Pomieszczenia przed- i poamplifikacyjne są czyszczone przy użyciu oddzielnego sprzętu i regularnie poddawane jałowieniu światłem UV. Powierzchnie stołów i aparatury są codziennie (przed i po zakończeniu pracy) dezynfekowane 0.5% podchlorynem sodu.

Materiał do badań molekularnych:

Materiałem do badań w kierunku zakażenia wirusami HBV, HCV, HIV, CMV i EBV jest osocze ludzkie, uzyskane z próbki krwi pobranej do próżniowej probówki z EDTA, przeznaczonej do badań metodami biologii molekularnej. Probówki z heparyną jako antykoagulantem nie znajdują zastosowania. Heparyna hamuje bowiem amplifikację kwasów nukleinowych. Dzięki pobieraniu krwi w systemie zamkniętym, unika się manipulacji związanych z oddzieleniem materiału do badania, zwiększającymi ryzyko uzyskania fałszywych wyników.

Objętość osocza w probówce musi być zgodna z zaleceniami producenta testów. Należy też liczyć się z koniecznością powtórzenia badania oraz pozostawienia osocza do archiwizacji (w temperaturze -70°C lub niższej).

Sposób pobrania, transportu oraz przechowywania próbek materiałów w kierunku diagnostyki molekularnej regulują Procedury obowiązujące w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie o sygnaturach: PM - 23/SU, PM - 24/SU; PM - 25/SU, PM - 26/SU, PM - 27/SU, PM - 28/SU, PM - 29/SU,

Zakres badań molekularnych i serologicznych - aktualnie i w perspektywie

Aktualnie w pracowni wykonywany jest panel badań molekularnych obejmujący diagnostykę wirusowych zapaleń wątroby typu B (HBV) i C (HCV) w zakresie wykazania obecności wirusowego materiału genetycznego DNA i/lub RNA (badanie jakościowe) oraz oznaczenia liczby kopii DNA HBV i/lub RNA HCV w mL badanej próbki osocza ludzkiego (badanie ilościowe). Miano DNA HBV i RNA HCV wyraża się w jednostkach międzynarodowych (IU/ml) oraz w kopiach/ml DNA HBV i RNA HCV wg wytycznych WHO HBV International Standard for NAT testing 97/746 dla DNA HBV lub Second WHO International Standard dla RNA HCV NAT (NIBSC Code 96/798). Krótką charakterystykę stosowanych testów podano procedurach diagnostycznych - badania molekularne. Ponadto, 
w przypadku zakażeń wirusem typu C istnieje możliwość identyfikacji jego wszystkich genotypów (1-6) oraz subtypów (podtypów). U pacjentów objętych terapią p/wirusową, u których wykazano replikację DNA HBV w liczbie kopii/ml DNA HBV nie mniejszej niż 1x103, w uzasadnionych przypadkach wykrywa się także warianty dzikie, mutacje oraz polimorfizmy w genie polimerazy wirusa HBV warunkujące oporność na wybrane leki p/wirusowe takie jak: lamiwudynę, entekawir oraz adefovir.

W Pracowni wykonywane są także molekularne badania diagnostyczne u pacjentów zakażonych ludzkim wirusem niedoboru odporności typu 1 (HIV-1). Obejmują one monitorowanie poziomu wiremii z dokładnym podaniem liczby kopii RNA HIV-1 u pacjentów objętych terapią antyretrowirusową. U pacjentów przed włączeniem do terapii Abacaviru wykonywane są również oznaczenia obecności allelu HLA-B*5701 w związku z możliwością wystąpienia reakcji nadwrażliwości na ww. lek w przypadku obecności allelu.

W ostatnim czasie panel badań molekularnych został poszerzony o wykrywanie DNA wirusa Cytomegalii (CMV) w osoczu oraz o diagnostykę wybranych patogenów przenoszonych drogą płciową tj. bakterii Chlamydia trachomatis oraz wirusów HPV. Krótką charakterystykę testów podano w procedurach diagnostycznych - badania molekularne.

Zakres badań molekularnych obejmuje także drobnoustroje odpowiedzialne za tzw. atypowe zapalenia płuc tj. Chamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumoniae oraz inne gatunki z rodzaju Legionella. Materiałem do badań są próbki pobrane z górnych i dolnych dróg oddechowych pacjentów.

Z początkiem tego roku zostaną ponadto wdrożone następujące badania serologiczne:

• Oznaczenie antygenu Streptococcus pneumoniae w moczu
• Oznaczenie antygenu Legionella pneumophila w moczu
• Oznaczenie przeciwciał klasy IgA (jakościowo) przeciwko Chlamydophila pneumoniae w surowicy
• Oznaczenie przeciwciał klasy IgM (jakościowo) przeciwko Chlamydophila pneumoniae w surowicy
• Oznaczenie przeciwciał klasy IgG (jakościowo/ilościowo) przeciwko Chlamydophila pneumoniae w surowicy
• Oznaczenie przeciwciał klasy IgM (jakościowo) przeciwko Mycoplasma pneumoniae w surowicy
• Oznaczenie przeciwciał klasy IgG (ilościowo) przeciwko Mycoplasma pneumoniae w surowicy

W związku z dostępem do analizatora LightCyclerŽ 2.0 w technologii Real-time PCR w tym roku zostaną zwalidowane badania, które obejmą wykrywanie materiału genetycznego (DNA) bakterii odpowiedzialnych za zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych (meningitis) oraz bakteriemię. Materiałem wyjściowym do badań będzie krew pełna, osocze oraz płyn mózgowo-rdzeniowy.

Pełny wykaz badań, których wdrożenie planowane jest już z początkiem 2010 r. zamieszczono 
w procedurach diagnostycznych - badania molekularne i immunodiagnostyczne.

Wartości referencyjne dla wykonywanych badań molekularnych

W badaniach molekularnych brak jest pojęcia zakresu norm. Można jedynie stwierdzić wykrycie lub brak materiału genetycznego w badanej próbce materiału pobranej od pacjenta. W zamieszczonych tabelach podano jedynie zakresy liniowości przypisane stosowanym testom.

Wyposażenie pomiarowo-badawcze pracowni

• Analizator Cobas TaqMan 48
• Analizator Cobas e 411
• NucliSens - easyMag
• Termocykler NucliSens-EasyQ
• Analizator NucliSens-EasyQ
• Termocykler 9700
• Analizator LightCyclerŽ 2.0
• Czytnik do metody ELISA (Organon Teknika)
• Płuczki Washer do mikropłytek w systemie automatycznym 430 i 400 (Organon Teknika)
• Komora laminarna (Heraeus Air HLB 2448 GS)
• UV Sterilizing PCR Cabinet (Symbios)
• UV Transilluminator (UVP; Eppendorf)
• Zamrażarka (temp. chłodzenia -70° do -80°C (Jouan HX 230S)
• Wirówka z chłodzeniem (MPW-350) z zestawem cytologicznym CYTOSET
• Wirówka z rotorem horyzontalnym SIGMA do płytek mikrotitracyjnych
• Mikrowirówka mini spin (Eppendorf)
• Mikrowirówka Galaxy Mini Star
• Thermo-Shaker PST-60 HL plus (BIOSAN)
• Thermomixer Comfort (Eppendorf)
• Mikrofalówka LG
• Wytrząsarka typ VORTEX
• Pipety automatyczne Eppendorf
• Lodówko-zamrażarka Polar CZ 340

Szczegółowe informacje dotyczące wykonywanych badań, stosowanych metod badawczych, wartości referencyjnych oraz wyposażenia pracowni podano w procedurach diagnostycznych - badania molekularne i badania immunodiagnostyczne.

PRACOWNIA PARAZYTOLOGII

Pracownia uzyskała odrębność organizacyjną 1 września 2007 r. na podstawie Zarządzenia 

Nr 94/07 Dyrektora Szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie.

Badania wykonywane w pracowni pozwalają potwierdzić obecność lub brak pasożytów człowieka 
w pobranym materiale, ze szczególnym uwzględnieniem pasożytów przewodu pokarmowego. Pracownia specjalizuje się również w badaniach pasożytów tropikalnych, w tym m.in.: rodzajuPlasmodium wywołującego malarię.

Standardowe badanie parazytologiczne

Badanie składa się z analizy próbki kału oraz oceny wymazu parazytologicznego. Dostarczony do pracowni materiał jest opracowywany pięcioma metodami diagnostycznymi. Standardowe badanie parazytologiczne umożliwia wykrycie zarówno pierwotniaków (pasożytów jednokomórkowych m.in.: lamblii jelitowych, ameb), jak i pasożytów zaliczanych do przywr, tasiemców i nicieni.

Zaleca się trzykrotne wykonanie badania. Pomiędzy kolejnymi próbkami należy zachować odstęp minimum dwóch dni. Na przykład, jeżeli pierwsza próbka została pobrana w poniedziałek, to następną należy dostarczyć najwcześniej w środę, a ostatnią w piątek.

Pracownia we współpracy z Pracownią Diagnostyki Molekularnej i Immunodiagnostyki wykonuje badania obejmujące wykrywanie koproantygenu Gardia lamblia Stiles (lamblii jelitowej) w kale testem immunoenzymatycznym oraz ocenę obecności cyst Gardia lamblia w preparacie bezpośrednim.

Wykaz wykonywanych procedur

Wykaz procedur wykonywanych dla pacjentów indywidualnych (badania płatne)

Czas oczekiwania na wynik badania

Wyników standartowych badań parazytologicznych można oczekiwać z reguły do 24 godzin.
W szczególnych przypadkach czas oczekiwania na wynik wynosi 2 dni robocze. Odczyt hodowli w kierunku nicieni następuje po 10 dniach od pobrania próbki. W przypadku badań wykonywanych we współpracy z Pracownią Diagnostyki Molekularnej i Immunodiagnostyki czas oczekiwania na wynik wynosi do 5 dni roboczych.

Pacjenci pragnący wykonać odpłatnie badanie w kierunku malarii proszeni są o wcześniejszy telefoniczny kontakt z pracownią w celu ustalenia terminu badania.

Wyposażenie pomiarowo-badawcze pracowni

• Mikroskop optyczny OLYMPUS CH 30
• Mikroskopy PZO Warszawa
• Lupa WZP MR-W-IV-43
• Lodówka Predom-Polar

PRACOWNIA KONTROLI ZAKAŻEŃ SZPITALNYCH

Pracownię powołano z dniem 1 września 2007 r. na mocy Zarządzenia Nr 94/07 Dyrektora Szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie.

Pracownia wyposażona jest w dwa zestawy komputerowe, w tym jeden z oprogramowaniem MicrobioNET do rejestracji badań oraz opracowań statystycznych.

W pracowni realizowane są zadania wynikające z Rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 11 marca 2005 r. w sprawie rejestrów zakażeń zakładowych oraz raportów o występowaniu tych zakażeń. Codzienna rejestracja drobnoustrojów alarmowych stanowi podstawę dla bieżącej oceny sytuacji epidemiologicznej Szpitala oraz umożliwia tworzenie pełnej bazy danych w celu sporządzania półrocznych i rocznych raportów o zakażeniach zakładowych i drobnoustrojach alarmowych.

Zespół pracowni czynnie uczestniczy w pracach Zespołu Kontroli Zakażeń Zakładowych Szpitala Uniwersyteckiego w zakresie:

• szkoleń personelu medycznego
• bieżącej oceny sytuacji epidemiologicznej Oddziałów Klinicznych Szpitala
• mikrobiologicznego monitorowania chorych i personelu medycznego oddziałów
• tworzenia procedur ważnych dla szeroko pojętych działań związanych z zapobieganiem zakażeniom szpitalnym.

Ważnym zadaniem pracowni jest współpraca z pozostałymi pracowniami Zakładu Mikrobiologii w zakresie opracowań epidemiologicznych wyników badań. Zbiorcze, retrospektywne analizy wyników mikrobiologicznych dostarczają lokalnych danych o prawdopodobnych czynnikach etiologicznych zakażeń, wrażliwości drobnoustrojów 
oraz szerzeniu się oporności na leki przeciwbakteryjne.

ZAKŁAD MIKROBIOLOGII - ADMINISTRACJA

Pion administracyjny Zakładu tworzy 2-osobowy zespół statystyków medycznych, których głównym zadaniem jest comiesięczne sprawozdawanie liczby i rodzaju badań mikrobiologicznych wykonanych na rzecz poszczególnych jednostek organizacyjnych Szpitala oraz kontrahentów zewnętrznych. Każdego miesiąca do Działu Ewidencji Kosztów i Wyceny Procedur Medycznych Szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie sprawozdawanych jest łącznie około 13 000 badań w oparciu o procedury ICD-9.

Do ważnych zadań administracji należy ponadto: - segregacja i archiwizacja dokumentacji medycznej 
- zgłaszanie czynników biologicznych zakażeń do Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej, zgodnie z obowiązującymi przepisami, - udzielanie informacji dotyczących zakresu wykonywanych badań oraz funkcjonowania Zakładu, - Prowadzenie Kasy Pomocniczej, wystawianie faktur VAT, - sporządzanie raportów kasowych, - realizacja zadań w zakresie zamówień odczynników diagnostycznych, - współpraca z Sekcją Odczynników, - przygotowywanie zamówień materiałów zużywalnych, materiałów biurowych, sanitarnych i gospodarczych.

BADANIA

Działalność

Zakład Mikrobiologii Szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie wykonuje szeroki panel badań diagnostycznych z zakresu bakteriologii, wirusologii, mykologii oraz parazytologii. Profil świadczonych usług jest systematycznie poszerzany i dostosowywany do wymogów stawianych szerokoprofilowym laboratoriom mikrobiologicznym.

Dla celów sprawozdawczych i rozliczeniowych w Zakładzie wdrożono jednolity system kodowania badań laboratoryjnych oparty o polską wersję Międzynarodowej Klasyfikacji Procedur Medycznych (ICD-9). Liczba wykonywanych i sprawozdawanych rocznie procedur znacząco przekracza: 81 tys. dla badań bakteriologicznych, 58 tys. dla badań serologicznych, 13 tys. dla badań mykologicznych, 5 tys. w przypadku badań parazytologicznych oraz 3 tys. dla badań molekularnych.

Zakład posiada rozbudowaną „infrastrukturę komputerową” funkcjonującą w postaci dwóch sieci informatycznych: MicrobioNET oraz PSM. Komputerowa rejestracja wszystkich zlecanych badań i wyników umożliwia tworzenie bazy danych dla celów statystycznych oraz archiwizację danych. Obok dokumentacji w formie elektronicznej, w Zakładzie prowadzona jest szczegółowa dokumentacja badań dostępna dla organów kontrolujących oraz dla innych potrzeb. Dokumentacja medyczna pozostaje zgodna z zasadami określonymi w Rozporządzeniu Ministra Zdrowia z dnia 21 grudnia 2006 r. w sprawie rodzajów i zakresu dokumentacji medycznej w zakładach opieki zdrowotnej oraz sposobu jej przetwarzania. Sprawozdania z przebiegu badania (tzw. karty pracy) w postaci indywidualnych wyników, jak i zestawień zbiorczych zawierają, wymagane przez Zleceniodawcę informacje niezbędne do interpretacji wyniku badania oraz comiesięcznego sprawozdawania właściwych procedur w systemie wewnętrznego budżetowania, stosowanego w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie. „Karty pracy”, formularze Zleceń, wstępne i końcowe wyniki badań wraz z potwierdzeniami odbioru są archiwizowane celem zapewnienia pełnej odtwarzalności realizacji procedury.

Dostateczne zasoby sprzętowe i materiałowe Zakładu gwarantują wykonywanie szerokiego spektrum badań mikrobiologicznych zarówno na potrzeby Szpitala Uniwersyteckiego, jak i na rzecz kontrahentów zewnętrznych.

Zakład Mikrobiologii we współpracy z Zakładem Diagnostyki Patomorfologicznej oferuje odpłatne (komercyjne) badania cytologiczne i mikrobiologiczne, m. in.: